Atelier régional AfricaBP 2026 | Deuxième journée au CRSP de Constantine
Des cellules aux données : séquençage et analyse des génomes bactériens par les technologies Oxford NanoporeLa deuxième journée de notre atelier pratique, organisé au Centre de Recherche en Sciences Pharmaceutiques (CRSP) de Constantine, a été consacrée à une étape essentielle du séquençage du génome bactérien : la préparation des librairies et le lancement du séquençage avec les technologies Oxford Nanopore.
Organisée au sein de la Plateforme de Génomique Moléculaire du CRSP, cette formation permet aux participants de développer des compétences pratiques en génomique microbienne, en reliant les manipulations de laboratoire aux futures étapes d’analyse bioinformatique.
Au programme de cette deuxième journée :
Préparation des librairies de séquençage : réalisation pratique des différentes étapes de préparation des librairies à partir de 15 isolats d’intérêt, incluant le traitement des échantillons et le barcodage.
Contrôle de la flow cell : découverte des procédures de vérification et des étapes essentielles à réaliser avant le lancement du séquençage.
Séquençage avec le MinION Mk1D : chargement des librairies préparées et lancement d’un run de séquençage en temps réel, avec une initiation au suivi des performances et au contrôle qualité initial des données.
Renforcer les capacités de recherche en génomique en AfriqueAu-delà de la maîtrise des outils technologiques, cette initiative contribue au transfert de savoir-faire, au renforcement des compétences locales et au développement d’une plus grande autonomie dans la production et l’analyse des données génomiques.
Ces compétences sont essentielles pour faire progresser la recherche sur la biodiversité microbienne, la découverte de molécules bioactives, la biotechnologie et la surveillance génomique.
Le CRSP est heureux de contribuer à cette dynamique collaborative en mettant à disposition son expertise scientifique, ses infrastructures et son environnement de formation pratique.
Nos remerciements aux formateurs ainsi qu’à l’ensemble des participants pour leur engagement et leur contribution à la réussite de cette formation.
La troisième journée sera consacrée à la transformation des données de séquençage en connaissances biologiques, à travers l’assemblage et l’annotation des génomes ainsi que les analyses génomiques approfondies.
